Originalmente, o termo foi usado para descrever quadros de pneumonia adquirida na comunidade, cujo comportamento diferia do padrão comumente observado. Em comum, nessas pneumonias, não se conseguia detectar o agente pelos meios de cultura habitualmente empregados, a intensidade do acometimento clínico variava de leve a moderado e se arrastava por até quatro semanas, com persistência do quadro de tosse, em geral, seca e, por vezes, produtiva, febre, geralmente sem sintomas pleurais, e, notadamente, ausência de resposta a agentes betalactâmicos. Finalmente, um agente foi isolado: Mycoplasma pneumoniae e, portanto, pneumonia atípica tornou-se sinônimo de pneumonia por Mycoplasma pneumoniae. Posteriormente, quadros de pneumonias atípicas foram descritos com outras espécies, como a Legionella sp ou Clamídia pneumoniae cepa Twar e, historicamente, o termo pneumonia atípica passou a ser referência para infecção pulmonar provocada por um desses agentes. Contudo, o termo vem sendo utilizado, também, para descrever quadros de pneumonia cuja evolução se desvie do padrão comum e que não são necessariamente provocados por esses agentes.
