Pneumonia pode ser transmitida quando micróbios presentes no ar, deixados por um indivíduo infetado, são inalados por outra pessoa. No entanto, a maioria dos casos de pneumonia são atribuíveis a auto-infeção com um ou mais tipos de micróbios que têm origem no nariz e boca. Em pessoas saudáveis, bactérias típicas residentes das vias aéreas superiores, como o Streptococcus pneumoniae (comumente referido como "pneumococo") e Haemophilus influenzae são as bactérias que mais comumente causam pneumonia adquirida na comunidade. Pneumonia hospitalar é geralmente causada por bactérias mais resistentes, como Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa e Escherichia coli.
Indivíduos com uma séria deficiência do sistema imunitário tornam-se susceptíveis a pneumonia causada pelos chamados micróbios "oportunistas", tais como certos fungos, vírus e bactérias ligadas à tuberculose (micobactérias), que não seriam normalmente causa de doença em indivíduos saudáveis.
Para lidar com a sua constante exposição a micróbios potencialmente infeciosos, o pulmão depende de uma hierarquia de mecanismos de defesa. Mecanismos físicos que podem impedir os micróbios de alcançar os alvéolos incluem a estrutura das vias aéreas superiores, a ramificação da árvore brônquica, a camada de muco viscoso que reveste as vias respiratórias, os cílios que impulsionam o muco para cima, tipo cabelo, e o reflexo de tosse. Os micróbios que não conseguem alcançar os alvéolos são normalmente destruídos por uma variedade de células imunes, sendo esta a razão pela qual a maioria das pneumonias ocorre em pessoas com uma ou mais deficiências de ambos os mecanismos, de defesa imune e mecânicos.
